1992 : Reconnaissance officielle de la Bio par la CEE.  Les organismes gestionnaires de marque habilités à contrôler et à identifier les produits "bio" abandonnent ce rôle à des organismes de contrôle et de  certifications indépendants agréés CEE.

1993 : Nature & Progrès se détache donc de la certification pour se consacrer au développement de la Bio en devenant une marque collective, jugeant qu'il est plus important pour elle de se consacrer au développement de l'Agriculture Biologique, de ses surfaces et de ses productions. Elle édite les « Bonnes Adresses de la Bio » Nature & Progrès compte 1500 adhérents professionnels et 2000 consommateurs.

1995 : Le syndicat des producteurs Nature & Progrès décide de lancer un mouvement de contestation à l’encontre du paiement du contrôle de la bio qu’ils considèrent comme un mesure injuste de « non pollueur payeur » et lance l’opération
«Boycott de la certification de l‘agriculture biologique».

1997 : Sortie des BAB en collaboration avec d’autres organismes de la bio, ce qui en fait un document plus exhaustif. Forte mobilisation de Nature & Progrès contre les OGM, avec Greenpeace notamment.

1998 : Création d’un cahier des charges cosmétiques, produits d’entretien et savonnerie.

1999 : Devant le "marché" alléchant que la bio représente désormais, des acteurs peu scrupuleux tentent de s'en emparer à seule fin de profits. Pour protéger les consommateurs contre la "pseudo bio",  Nature & Progrès signe "La charte des mouvements de la bio" avec Biofranc, Fesa terre et vie, Simples et le Syndicat d'agriculture biodynamique (document-joint). Enfin, elle réactualise ses cahiers des charges sur l'élevage afin de se démarquer du règlement européen sur l'élevage bio, qu'elle juge particulièrement laxiste.

2000 : Nature & Progrès lance, avec l’Institut pour la relocalisation de l’économie, , la campagne “Sauvons nos marchés”. Vite rejointe par d’autres organisations dont notamment la Confédération paysanne ,Attac ou les Mouvements de la bio, “Sauvons nos marchés” et recueille quelques 120 000 signatures pour sa pétition. Celle-ci demande la suspension de l’arrêté du 9 mai 1995 (traduction en droit français de cette directive) jusqu’à ce que des règles mieux adaptées aux petits producteurs et artisans soient trouvées. Sous la pression des consommateurs, et tandis que Nicole Fontaine, Présidente du Parlement européen “ libère les Etats-membres de l’application de cette directive ”, les services des fraudes ont ordre d’être tolérants et de ne pas faire appliquer strictement les nouvelles normes…

2001 : Nature & Progrès lance une nouvelle campagne « La bio ou les OGM, il faut choisir » pour refuser l’agriculture transgénique qui condamne l’agriculture biologique. Au nom de la santé humaine et environnementale, le respect du principe de précaution doit être appliqué pour lutter contre les OGM.

2002 : Nature & Progrès crée, en partenariat avec d’autres organisations *, « l’association pour la régénération de la vigne » qui permettra d’animer un réseau de savoirs et de savoirs-faire afin de remédier à la dégénérescence des vignes, poursuivant ainsi ses actions concrètes de défense de l’environnement.

2003 : Colloque sur la semence paysanne à Toulouse en février en collaboration avec La confédération Paysanne, la FNAB, et le mouvement de culture Biodynamique : Grand succès auprès des producteurs qui sont plus  de 350 à y participer pendant deux jours. Il se termine par la déclaration d’Auzeville.

* Le Mouvement de Culture Biodynamique, la Confédération Paysanne, la FNAB ( Fédération Nationale d’Agriculture Biologique),
le SNDSF (Syndicat National des Semences Fermières), Kokopelli, Germinence, Soin de la Terre, Vini Vitis Pro et le FIBL.